|
|
Study of DNA hydration by analysis of structural data from databases
Šrůtková, Alžběta ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Hoksza, David (oponent)
Deoxyribonukleové kyseliny hrají zásadní roli v živých organismech tím, že ukládají genetickou informaci. Proces přenosu, translace a transkripce genetické informace je prováděn molekulami, většinou proteiny, které způsobují ohyb a lokální deformaci vázané DNA. Tyto interakce spolu s nukleotidovou sekvencí formují DNA do různých konformací. Popis a klasifikace lokální strukturní diverzity DNA na úrovni dinukleotidů je poskytován tzv. třídami dinukleotidových konformerů, NtC. Klasifikační systém NtC vytvořený pro popis lokálních konformací nukleových kyselin se skládá z 97 tříd NtC. V této práci diskutujeme 44 tříd důležitých pro popis DNA konformací. Všechny biomolekuly, včetně DNA, jsou silně hydratované. První hydratační vrstva kolem DNA je z velké části lokalizována. Struktura této hydratační vrstvy závisí na sekvenci a konformaci analyzované biomolekuly. Strukturální klasifikace DNA do tříd NtC umožňuje specifické studium první hydratační vrstvy s dostatečnou sekvenční a strukturní granularitou. Na základě údajů dostupných ve strukturních databázích jsme studovali hydrataci dvoušroubovicových tetranukleotidových fragmentů ve třech biologicky nejdůležitějších konformačních třídách DNA: BI forma (NtC třída BB00), A forma (NtC třída AA00) a BII forma (NtC třída BB07).
|
host ::
RSS.